Хм... Не понимаю...
Код:
case @command_window.index
when 0
  @item_window.dispose
  @item_window = Window_Item.new(0, 112, 544, 304, @command_window.index)
when 1
  @item_window.dispose
  @item_window = Window_Item.new(0, 112, 544, 304, @command_window.index)
when 2
  @item_window.dispose
  @item_window = Window_Item.new(0, 112, 544, 304, @command_window.index)
when 3
  @item_window.dispose
  @item_window = Window_Item.new(0, 112, 544, 304, @command_window.index)
when 4
  @item_window.dispose
  @item_window = Window_Item.new(0, 112, 544, 304, @command_window.index)
when 5
  @item_window.dispose
  @item_window = Window_Item.new(0, 112, 544, 304, @command_window.index) 
end
Вот здесь ты проверяешь положение курсора. Если он стоит в положении 1 - пересоздаем, 2 - пересоздаем... 4 - пересоздаем. Но курсор то после пересоздания никуда на исчезает (или исчезает? о.О), а значит при следующем обновлении он вновь пересоздаст окно... Или он все-таки исчезает? о.О А первый пункт-то исправить легко:
Код:
case @command_window.index
when 0..EKScripts::ITEMS_TYPE.size - 1
  @item_window.dispose
  @item_window = Window_Item.new(0, 112, 544, 304, @command_window.index)
end
Вот и все. ^_^

С радостью приму помощь! Мой вариант тоже весьма не эстетичен, равно, как и постоянно пересоздаваемое окно цели - иначе оно уходит под окно предметов. Так что если расскажешь - как можно обновить содержимое окна без его пересоздания - буду рад! Только плиз не готовым скриптом или готовым скриптом с комментами - уж больно это не удобно - сверять два скрипта, пытаясь найти в них отличия, хоть прогу для этого пиши. ^^