чарактеры могут потерять кадры анимации
Два кадра анимации? Это же не НЕС. Такого уж точно не случится.

тайлсеты станут окончательно квадратно-гнездовыми
Сомнительно, что тайлы для VX хоть как-то изменят свой стиль.

А вот насчёт остального - всего можно ожидать. Особенно от этого нового RGSS3, ибо RGSS2 - ещё тот индусский код, даже по сравнению с RGSS. (Кстати говоря... Похоже, что кое-кому придётся менять название своего проекта)