Основная трудность, я полагаю, это создание юнитов, выполняющие и помнящие различные команды.
Ну, если стратегия пошаговая, то тут проблем поменьше. Можно ещё фишку с контрольными точками, как в "Warhammer 40000: Dawn of War" реализовать, кстати.