У меня такое тоже бывало, например если скорость игроку в маршруте дробную поставить, или в скрипте изменить distance_per_frame , у меня свои большие персонажи в несколько клеток поэтому подбирал более подходящую. Также есть скрипт на плавный ход камеры за игроком, в нём такое же повторяется. Если избавиться от всего перечисленного - баг пропадает. Как вариант - маппить без ивентов, только тайлами, либо как-то с умом маскировать. И для мейкера перемещение прыжками также не стандартное перемещение. Мне видится проблема именно в скролле\центрировании камеры на игроке, где-то в подсчётах скриптов положение ивента\его картинки получается не целым числом и от этого смещение на пиксель.