Я половиком боковые двери изображал и прекрасно их видно было. Первую же заднюю я увидел еще в ФФ6 - в деревне с гробом... но там есть подсказка - вход есть и сбоку, и виден неберущийся сундук... Что до задних, то проще всего указывать к ним путь тропинками - только слепой не заметит, а потом уже будет проверять все подряд. В домах часты два входа, например - сразу на второй этаж, особенно в бедных кварталах. Кроме того, есть тайлсеты под 3 стены и даже 4 ( зелдовские ).
А на счет неправильных входо-выходов, то такие попадаются в рисованных играх, где стиль важнее, или например в платформенных бродилках. Но бывает, что заходишь за гору или большое препятствие, и карту как бы прокручивают на 180 градусов и ты идя слева выходишь справа... С люками и лестницами - вообще неразбериха.