Если я правилно понял, то:
1. Кликаешь с зажатым Ctrl на слое (в диспетчере Слоёв) на слое который с прозрачностью - получаешь выделение всего непрозрачного.
2. В диспетчере слоёв же выделяешь слой, который с эффектом Умножения. И кликаешь в низу панели на прямоугольник с кругом посередине (Добавить слой-маску) - т.о. добавляется маска, равная выделению, т.е. области непрозрачности нижнего слоя. И, по-моему, надо будет инвертировать маску (Ctrl+I)/. Всё.