На данный опрос почти у всех ответ будет один... и это даже немного скучно...
Основной порядок, все держится в голове, и что бы проще было все распределить по полкам, пишется в текст файле...
В моем случае это можно назвать эдакой пародией "Вики", имхо персонажи, предметы, исторические факты, мини игры, диалоги и прочее связанное хоть мимолетно с проектом, в отдельных текст файлах...
И все ради одного, что бы написать своего рода "Книгу" об игре, с подробным описанием действий, диалогами, и всем тем, что обычно читают в книгах для легкого чтения... в будущем естественно переходящую в сам проект...
Что бы проще было вспомнить, как я себе это представлял в тот или иной момент, обычно ассоциирую отрезок диалога или действий с музыкой, естественно подписывая какая музыка лучше под это подойдет...
Боюсь далеко уйти от темы, но позволю себе подметить, что воображение работает лучше, если представлять действия в будущей игре под музыку...
Но увы... я идеалист, и это мое проклятие...
Из-за погони за мелочами, так и не смог доделать ни один проект...

© Следующий вопрос: что делать, если работа над проектом ведётся командой из нескольких человек ?
- Богу молится... потому, что будут делать абсолютно все не так...
Если позволить себе подумать обратное, вытекает следующий факт о собственном незнании мейкера или же не умении в оном...
Ps: Не удивительно почему я ни кому не доверяю в данной области...