Если pdf - серьезный формат, то обязательно должно быть. Есть, например, опция "повернуть вид" - и страница поворачивается боком - ( соответственно и текст ) и все прокручивается боком... Надо ковырять!
Это возможности ридера, которым ты открываешь файл, а не самого формата.
Где-то под заглавием журнала надо просто пометить: стрелка вниз - следующий раздел/статья, стрелка вправо - продолжение статьи.
Эту часть можно реализовать ссылками(они вроде присутствуют)
Остальное(стрелки для навигации, всякого рода спец эффекты), мне кажется было бы проще сверстать на HTML5 + CSS3+ JavaScript. Но думаю людей в них разбриющихся нет. Да и формат уже приняли.