Andrew, с не/прочитанными сообщениями это не баг, а такая особенность работы форума. Есть более точный вариант определения, но он даёт большую нагрузку на сервер. Могу включить в целях эксперимента, однако, лучше просто почаще пользоваться ссылкой "Все разделы прочитаны" внизу списка разделов форума.

Со вторым вопросом: я не замечал такого поведения "Новых сообщений", возможно ты их уже прочитал открывая темы и просто не обновил главную страницу при этом.