Разделение крови делают при общем анализе крови это не то, прививку делают от инфекции, на нее организм реагирует всегда,
Если заражение происходит бактериями или другими микроорганизмами то да можно выявить микроскопом,
Если вирусное то проводят имуноферментный анализ это вроде берут несколько образцов крови и добавляют в них разные ферменты которые реагируют на определенные антитела вырабатываемые при инфекции и по ним определяют, в игре это можно реализировать скажем 3 колбы с кровью и несколько ферментов, добавляешь их и смотришь на реакцию типа изменения цвета или что-то такое