Решил глянуть, шо могу сделать, используя ссылку что ты скинул.
Так вот, у меня получилось таки сделать что-то подобное, что тебе надо. В главном меню окна толком-то и нет, только буковки, а в самой игре окна вообще непрозрачны.

Для этого тебе нужно создать .js файл в папке plugins и ввести туда следующее:

Scene_Title.prototype.createCommandWindow = function() {
this._commandWindow = new Window_TitleCommand();
this._commandWindow.opacity = 0;
this._commandWindow.setHandler('newGame', this.commandNewGame.bind(this));
this._commandWindow.setHandler('continue', this.commandContinue.bind(this));
this._commandWindow.setHandler('options', this.commandOptions.bind(this));
this.addWindow(this._commandWindow);
};
Window_Base.prototype.translucentOpacity = function() {
return 255;
};
Window_Base.prototype.standardBackOpacity = function() {
return 255;
};


Попытался сделать наоборот, но это приводило к тому, что окна становились прозрачными везде, но присутствовала рамочка.