1. Нижний ряд, точно посередине. Съезжать не будет.
Но число клеток должно быть нечетным.

2. С деревьями у меня была такая же проблема. В итоге решил попробовать не обычные деревья, а бонсайные) Стволы и ветки у них миниатюрные, а листья обычного размера. В итоге после уменьшения этих деревьев листья остались достаточно крупными, и не смешались в одну кучу.

3. А ты не вешай верхний слой на большую карту одним куском, а разбивай на несколько поменьше. Например, на карту 100x100 вешай 4 отдельных верхних слоя по 25x25 (4 разных эвента). Тогда и тормозов не будет.