У меня все работает и в условиях и с автораном и как угодно, без открытия меню. Я без понятия что у тебя там со скриптами.
Ну, попробуй передвинуть в scene title вот так:
Код:
class Scene_Title 
  alias main_save_check main
  def main
    main_save_check
    (0...CPSL::Save_number).each {|i|
      filename = CPSL.make_savename(i)
      if FileTest.exist?(filename)
        $game_switches[11] = true
      end
    }
  end  
end
Только чтобы в таком случае main_save_check был как в первом варианте, выше цикла.