Вы сначала говорите о стандартном методе подачи сюжета, предлагаемом стандартами стандартных jrpg, а в качестве примеров приводите разные структуры сюжета. Это разные понятия.
Абсолютно никто не мешает сделать нелинейный сужед, где центр действия все время прыгает в разные места и времена, но при этом следующий формуле "диалог-данжен-диалог-данжен".