Если я правильно понял, речь идет о следующем:

Имеется два слоя:

1 - Слой с прозрачностью:
Спойлер Слой с градиентно меняющейся Opacity (непрозрачностью) от 100% (слева) до 0% (справа):


Обратите внимание: на панели Info видно, что Opacity пятого слева пикселя равна 50%.

2 - Слой в режиме Multiply:

Спойлер Слой в режиме Multiply c Opacity 50%:


После наложения слоев имеем следующее:

Спойлер Слои, наложенные друг на друга:


прозрачность пикселей перемножилась
(режим "умножение" тут не причем - это стандартное поведение пикселей при наложении)
(0.5 * 0.5 = 0.25 - прозрачность;
1-0.25 = 0.75 - итоговая непрозрачность)

Для сохранения значнений непрозрачности пикселей нижнего слоя (во всех режимах - не только в Multiply) можно использовать Clipping Mask (в русской версии, вроде бы, Обтравочная Маска):

Спойлер Верхний слой был преобразован в Clipping Mask:


Чтобы превратить слой в Clipping Mask нужно щелкнуть на его названии (не на "картинке"!) на панели Layers и выбрать пункт Create Clipping Mask

Спойлер Контекстное меню слоя - Create Clipping Mask:


Другой способ - выбрать слой и выполнить ту же самую команду из меню Layer (или с помощью сочетания клавиш Alt + Ctrl + G):

Спойлер Меню Layer - Create Clipping Mask:


К сожалению, Photoshop не умеет применять применть Clipping Mask к группе слоев:

Спойлер Пункт Create Clipping Mask недоступен:


Но можно преобразовать нижние слои в Smart Object:

Спойлер Преобразуем группу слоев в Smart Object:


Спойлер Clipping Mask поверх Smart Object: