На счет "чистенько вырезает". С этим я уже сталкивался. Помимо спрайта и фона, есть еще третий компонент ( 3-й слой ) - размытая область, которая накладывается сверху и переход не заметен. Он еще и полупрозрачен бывает. Такие штуки любят делать, например, в стратегиях, чтобы горы не были резко очерчены снизу... В нашем случае это для того, чтобы один спрайт дерева можно было использовать на разных фонах.
В вырезании вручную я ничего особенного не вижу - дерево четкое. Вот размытую растительность вырезать на белесом фоне неба - вот это мука... но и то ничего.
Ты лучше скажи, что хочешь делать - может вырезать и не надо.